به منظور تدوین حوزه های فعالیتهای دانش بنیان و معیارهای تشخیص مصادیق شرکتها و مؤسسات دانش بنیان، کارگروهی زیر نظر رییس شورا تشکیل شده است که شرکتها و موسساتی که شاخص های موجود در آیین نامه تشخیص صلاحیت شرکت‌ها و موسسات دانش‌بنیان را داشته باشند و بعد از اینکه طی مراحل ارزیابی تایید گردند؛ به صندوق نوآوری و شکوفایی معرفی می‌شوند تا طرح خود را به آن صندوق ارائه نموده و از تسهیلات مربوطه با توجه به اساسنامه این صندوق استفاده نمایند.